Attaché parlementaire de José Daras en 1982, Jacky devient Secrétaire fédéral et porte parole d’Ecolo en décembre 1986, poste qu’il occupe jusqu’en 1991. Élu à la Chambre des représentants cette année là, il redevient Secrétaire fédéral en 1994, année où il est également élu Conseiller communal à Liège.

C’est durant son deuxième mandat de Secrétaire fédéral, associé à Isabelle Durant et Dany Josse puis Jean-Luc Roland, qu’Ecolo est propulsé sur le devant de la scène, et remporte les élections de 1999. Sénateur de 1999 à 2003, il est nommé Ministre d’État en 2002.

Il redevient sénateur de 2010 à 2014, année où il déclare mettre un terme à sa vie politique. Jacky Morael aura transformé Ecolo.

Professionnalisant la structure, il engage le parti vert dans les questions économiques, souhaitant démontrer que l’économie et l’écologie peuvent faire bon ménage. Particulièrement réceptif aux nouveaux enjeux de communication, Jacky Morael entend faire d’Ecolo un candidat au pouvoir. La victoire de 1999, dont il est le principal artisan, permet au parti de négocier, pour la première fois de son histoire, une participation à plusieurs majorités gouvernementales. Alors que son sens aigu de la politique a mis Ecolo sur les rails de la victoire, Jacky Morael finit par renoncer à devenir le premier vice-premier ministre écologiste de l’histoire de Belgique, pour des raisons internes.

Le décès brutal de sa fille, Laurie, en août 1999 contribue à le faire quitter son mandat de Secrétaire fédéral. Il continue toutefois à exercer une influence forte sur le parti, via son charisme et sa personnalité. Il laisse un fils, Tom, âgé de 20 ans.

Figure populaire bien au-delà d’Ecolo, Jacky Morael aura constamment insisté sur l’importance du lien entre jeunes et anciens.